相比于癌症治疗的其他疗法，质子重离子治疗在保障患者生存质量方面是非常有效的治疗手段，因为质子重离子治疗本身没有疼痛，短时间内即可回归工作、身体器官功能损伤小等特点。
关于质子重离子治疗的非适应（不适用质子重离子治疗）病例，具体列举如下:
(1) 胃癌、大肠癌等伴有蠕动的管腔器官的疾病;
(2) 白血病、淋巴瘤等全身扩散型的肿瘤;
(3) 已经大范围转移至全身的肿瘤;
(4) 有其他更好的治疗方法的肿瘤。
质子重离子治疗毕竟是一种“局部疗法”，自然有其局限性。另一方面，由于壁薄且反复进行不规则蠕动，胃和肠道等管腔器官并不是传统线放疗的治疗对象，同样这些器官也不适合于质子重离子线治疗。
胃和肠道的黏膜对于放射线的耐受性比较差，放射线照射很可能会导致出现溃疡，或因壁薄而穿孔(管壁上出现破裂)。同理，离消化道较近的胆囊或胆管肿瘤也属于质子重粒子线治疗难度较高的部位。
