儿童癌症的治疗，尤其需要在消除肿瘤和尽量减少辐射对生长发育、认知、神经内分泌功能和诱导继发性恶性肿瘤之间取得平衡。尤其是，儿童发育组织中的增殖细胞对辐射诱导的损伤非常敏感。减少正常组织暴露于治疗性辐射的剂量可降低后续恶性肿瘤的风险。
而质子治疗的出现，改变了这一现状。质子治疗保证了在肿瘤部位有足够高的放射剂量，从而达到控制肿瘤的效果。质子治疗一方面可以减少儿童正常组织和器官所受的辐射，降低如肠胃道、肺部和心脏等疾病的发生风险。以及减少对脑部辐射导致的智力、视力、听力及生长发育的影响；另一方面可以降低第二肿瘤的发生风险。
质子治疗的适应症比较广泛，对于脑部良恶性肿瘤、脊髓肿瘤、脑血管疾病、头颈部肿瘤、眼部病变、胸腹部肿瘤、儿童癌症以及其它疾病等均有较好的疗效。
