重离子治疗脊索瘤患者正常组织损伤小，局控率高，副作用低，痛苦少或没有，可有效提高生活质量，延长生存期。重离子治疗肿瘤较 早开始于脊索瘤，因脊索瘤对化疗、放疗抵抗，手术后又容易复发，没有其他更好的办法，但重离子对其显示出极大的优越性。
自1996年至2013年间，日本对188名脊索瘤患者进行了重离子放射治疗，中位随访期为62个月，其中有6例患者出现3级周围神经毒性反应，有2例患者的皮肤有4级毒性反应，97％的患者保持活动能力，5年局部控制率，总生存率和无病生存率分别为77.2％，81.1％和50.3％。
世界范围内多个中心的重离子治疗资料显示，重离子治疗脊索瘤是安全有效的，并能提供良好的局部控制和生存，患者无痛苦或者痛苦很小，不良反应少，治疗时间短（1-3周内完成）。尤其是对于病灶范围大，靠近神经血管结构、膀胱、肠道等重要脏器以及骨盆复杂的解剖结构，手术很难完整切除，或无法接受手术致膀胱、直肠功能受损及肢体功能丧失的患者，重离子在保护保留膀胱、直肠功能方面效果明显。
重离子治疗骨与软组织肉瘤适应症：
1、手术无法切除、切除范围较大或术后并发症较多不愿接受手术治疗的原发性患者；
2、术后复发无法再次手术的患者；
3、因病灶较大包绕或紧靠正常器官，但可手术介入放置间隔物，使正常组织与病灶分离的患者；
4、经手术或光子放疗后，疗效欠佳，仍有病灶残留的患者。
