虽然质子重离子治疗为癌症患者带来了新的希望，但是质子重离子治疗并不能治疗所有的癌症。临床治疗结果显示，质子重离子治疗技术对于非小细胞肺癌、前列腺癌、肝细胞肝癌、头颈部肿瘤、中枢神经系统肿瘤等癌症治疗的效果较好，且副作用较小，预后效果较好。
但是，质子重离子治疗技术并不适用于一些全身性的恶性疾病、空腔脏器癌症以及发生远处转移的癌症。因此，癌症患者在接受质子重离子治疗前，应由专业医生进行判定。
以下为质子重离子治疗技术的适应症和禁忌症：
适应症：
1、非小细胞肺癌、前列腺癌、头颈部肿瘤、肝细胞肝癌、颅底和脊柱旁肿瘤及中枢神经系统肿瘤等常见肿瘤
2、手术放疗化疗失效的肿瘤患者(如胃肠道肿瘤系统的肝转移、普通放疗无效的鼻咽癌，以及较为罕见的脊索瘤)
3、敏感区域肿瘤患者(如头部区域肿瘤:眼睛、耳朵或者脑组织附近;或者脑垂体等重要腺体部位;以及肝脏等部位的肿瘤。)
4、早期肿瘤患者
5、无法手术治疗的癌症患者
禁忌症：
1、全身性的恶性疾病，如白血病、多发性骨髓瘤等
2、胃癌和肠癌等空腔脏器的癌症
3、一般情况不好的患者，如患者在白天有一半或以上的时间卧床、生活需要他人照料
4、已经发生了广泛的远处器官的肿瘤转移
5、同一肿瘤部位已接受过2次及以上放射治疗的患者
6、无法较长时间(30min)保持俯卧惑仰卧体位的患者
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