质子重离子放疗和普通放疗的区别在于质子重离子放疗一般是利用质子、离子进行放疗，质子和离子都属于粒子线，能够起到杀灭肿瘤细胞的效果。而普通放疗则是利用放射线照射肿瘤细胞，能够使细胞凋亡。常用的有三维适行放疗，主要是通过X线、γ线等光子线对细胞造成损害。
质子重离子放疗与传统放疗（X射线，伽玛射线）相比，可以将照射能量集中在肿瘤的病灶上。这样不但可以减少放疗的副作用，而且还可以减少治疗次数。此外，对于那些传统放射治疗困难的肿瘤也能发挥较好的效果。
质子重离子放疗的优势非常明显，因为对身体正常细胞的伤害小的多，所以当肿瘤周围有比较重要或敏感器官时，或者是在治疗儿童癌症时，往往倾向于使用质子重离子放疗。
