人类基因组中序列翻转的规律

以缺失(deletion)、重复(duplication)和翻转(inversion)为主要形式的多态性结构突变体在人群中广泛存在。现在,Steve Scherer和同事通过对比分析人、黑猩猩(chimpanzee)的基因组片段,发现三段新的多态性的翻转和大量的侯选翻转序列。
 

(Fig: Genome-wide distribution of the 1576 putative inversions identified between the human and chimpanzee assemblies.) 
 
    作者识别出1576段序列,长度介于23bp和62Mb之间,在人类基因组序列Build 35和黑猩猩的草图序列拼接(draft sequence assembly)中以反方向形式存在。利用荧光原位杂交或者PCR技术,他们检测了27段侯选序列,证实23段序列为翻转序列。在Centre d’Etude du Polymorphisme Humaine研究中,他们选出10名个体,检查了23对人-黑猩猩翻转序列的情况,发现其中三段在人类样本中是以多态性存在的。当中的最长序列位于7p22,长度730 kb,包含15个基因,享有5%的次要等位基因频率(minor allele frequency);第二长序列位于7q11,长度13kb,次要等位基因频率是30%。值得一提的是,7q11翻转序列与反向片段中SNP存在完美地连锁不平衡(linkage diseqmilibrium)。这可能暗示了SNP可作为疾病相关研究中翻转多态性(inversion polymorphism)代理(surrogate)的天赋。
 
    参考文献:Discovery of human inversion polymorphisms by comparative analysis of human and chimpanzee DNA sequence assemblies PLoS Genetics Vol. preprint, No. 2005, e56 DOI: 10.1371/journal.pgen.0010056.eor
(责任编辑:labweb)

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