痰标本合格率很低的主要原因在于自然咳痰极易受到上呼吸道正常菌群的污染，深部浓痰不易咳出，病人不懂无菌留取标本意识（比如直接吐于纸巾上），医护人员未监督病人正确咳痰等。以下根据不同部位，不同取材方法进行讲述：
1.上呼吸道标本
a.鼻咽标本：将鼻咽拭子缓缓地伸进鼻孔直至鼻咽部（注意：不可用力），轻轻转动，并于该深部停留20～30s，然后迅速地抽出（注意：避免受口或咽喉中细菌的污染）。
b.喉部标本：用压舌板压舌，用无菌拭子从咽后、扁桃体和发炎区采样。喉拭子培养不能用于会厌发炎的病人。将转运管安全封口，注明标识和日期，将标本尽快送到实验室。
2.下呼吸道标本
a.采集标本以晨痰为好。
b.自然咳痰法：在留取痰之前，用清水反复漱口，从气管深部咳出痰，吐入无菌容器内。
c.支气管镜下采集法：在病灶附近用导管吸引或用支气管刷直接取得标本。
d.气管穿刺法：在环甲膜下穿刺抽取痰液，收集标本，适用于厌氧菌培养。
e.棉拭采集法：用无菌棉拭子轻轻擦拭病人鼻咽部黏膜，留取标本，置无菌试管内送检，放置时间不应超过2h。
f.支气管灌洗液： 用不少于140ml无菌生理盐水灌洗小支气管和肺泡，40～80ml回收的灌洗液中包含约1ml支气管末梢和肺泡中的分泌物；弃去前段可能污染的部分，收集其余部分后立即送检。
g.保护毛刷（PSB）：保护毛刷因有双层套管保护，不易污染上呼吸道和口腔定植菌。用无菌剪刀剪断毛刷，置于含1ml生理盐水的无菌容器中（仅供需氧培养），快速送检。
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