支原体及衣原体肺炎也叫原发性非典型肺炎，分别由肺炎支原体、肺炎衣原体感染所致。一般临床表现为顽固性咳嗽，常伴随发热症状。两者早期均表现为上呼吸道感染症状，衣原体肺炎症状较轻。
支原体肺炎
血常规：白细胞总数正常或略增高，以中性粒细胞为主。
肺炎支原体抗体（MP-IgM）：用于肺炎支原体急性感染的辅助诊断。
肺炎支原体抗体滴度：是一种半定量检测人血清中肺炎支原体抗体的方法。起病2周后，约2/3以上的患者阳性，滴度≧1:80为阳性。如果滴度逐步升高，更有诊断价值。
肺炎支原体定量（MP-DNA）：用咽拭子取分泌物检测，适用于肺炎支原体感染的早期快速诊断。
衣原体肺炎
血常规：白细胞总数正常或稍高；血沉加快。
肺炎衣原体抗体IgM（CP-IgM）：原发感染者，早期检测血清衣原体IgM，急性期血清标本IgM滴度≧1:32或急性期和恢复期的双份血清IgM或IgG有4倍以上的升高可诊断。再感染者，IgG滴度≧1:512或4倍增高，或恢复期IgM有较大的升高。
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