实验步骤
一、试剂配制
1. 5×TBE缓冲液:450 mmol/L Tris-硼酸,10 mmol/L EDTA,pH值8.0。使用时将上述储存液稀释10倍至0.5×TBE缓冲液,可同时作为电泳及制胶用的缓冲液。
二、制胶
1. 根椐制胶量及凝胶浓度,在加有一定量的电泳缓冲液的三角锥瓶中,加入准确称量的琼脂糖粉(总液体量不宜超过锥瓶的50%
容量)。琼脂糖粉末与0.5×TBE buffer的比例(w:v)参考表1,常用琼脂糖浓度为0.7-1%。
表1 琼脂糖凝胶浓度与线形DNA的最佳分辨范围
琼脂糖浓度
最佳线形DNA分辨范围(bp)
0.50%
1 000~30 000
0.7%
800~12 000
1%
500~10 000
1.20%
400~7 000
1.50%
200~3 000
2%
50~2 000
2%~5%
20~1 000
2. 在锥瓶的瓶口上盖上保鲜膜或牛皮纸,并在膜或纸上扎些小孔,然后在微波炉中加热溶解琼脂糖。加热时,当溶液沸腾后,请戴上防热手套,小心摇动锥瓶,使琼脂糖充分均匀溶解。此操作重复数次,直至琼脂糖完全溶解。
3. 使溶液冷却至50℃-60℃左右,如需要可在此时加入溴化乙锭溶液(终浓度0.5 μg/ml)或按照1 μL / 30 mL的比例加入DNAgreen染料,并充分混匀。
4. 将琼脂糖溶液倒入制胶模中,然后在适当位置处插上梳子。凝胶厚度一般在3~5 mm之间。制胶模如下图所示,小胶倒入25-30 mL左右琼脂糖溶液,大胶则60-70 mL左右,若需切胶回收,凝胶可适当加厚。
5. 在室温下使胶凝固,大约30分钟~1小时。
三、上样
1. 取适量样品与6×上样缓冲液混匀(如:1 μl样品与5 μl 6×上样缓冲液),用微量移液枪小心加入样品槽中。
2. 上样量根据样品浓度可适当调整,若DNA含量偏低,则可依上述比例增加上样量,但总体积不可超过样品槽容量(一般小孔40 μl 为上限,大孔200 μl 为上限,具体和制胶膜规格相关)。
3. 每加完一个样品要更换枪头,以防止互相污染,注意上样时要小心操作,避免损坏凝胶或将样品槽底部凝胶刺穿。
四、电泳
1. 加完样后,合上电泳槽盖,立即接通电源。控制电压保持在110 V,电流在40 mA以上。
2. 当条带移动到距凝胶前沿约2 cm时(约40 min),停止电泳。
3. 紫外下拍照并观察。
注意事项
1. 5×TBE缓冲液放置时间过久会沉淀,因此一次性不要配太多。工作用电泳缓冲液为0.5×TBE缓冲液,取5×TBE缓冲液贮存液稀释,现配现用。
2. 用于电泳的缓冲液和用于制胶的缓冲液必须统一。
3. 琼脂糖粉在微波炉中加热时间不宜过长,每次当溶液起泡沸腾时停止加热,否则会引起溶液过热暴沸,造成琼脂糖凝胶浓度不准,也会损坏微波炉。溶解琼脂糖时,必须保证琼脂糖充分完全溶解,否则,会造成电泳图像模糊不清。
4. 凝胶不立即使用时,请用保鲜膜将凝胶包好后在4℃下保存,一般可保存2~5天。
(责任编辑:sgx)