病原体是导致感染性疾病的关键因素，也是区别于非感染性疾病的重要依据。迄今为止，已发现的病原体有：病毒、立克次体、支原体、衣原体、细菌、螺旋体、真菌、原虫和蠕虫9大类。病原学检测对于感染性疾病的诊断、合理应用抗感染药物以及防止耐药病原体的产生都至关重要。随着医学微生物学研究技术的不断发展，蛋白质或基因水平的检测手段不断被应用于临床，病原学诊断已不再局限于病原体水平。正确采集与送检病原学诊断标本直接影响检测结果，是每一位临床医务工作者必须重视的问题。要提高病原体培养阳性率，应尽可能在抗感染药物使用前送检标本。
(一)直接镜检
除蠕虫外，病原微生物体形均很微小，须借助显微镜观察形态。利用其携带阴离子和(或)阳离子的差异，用染料对涂片、组织切片进行染色后显微镜下观察。
(二)培养
病原微生物大多能在体外培养。活组织细胞培养适于专营活组织细胞内生存的病原体，包括病毒、立克次体、衣原体。另外，支原体、细菌、螺旋体、真菌等不依赖有生命力的细胞，能在体外独立生活，可作单纯体外培养。
(三)抗原抗体检测
病原微生物的抗原可刺激机体产生特异性抗体，通过检测相应抗原或抗体可以判断感染的存在状况。
(四)基因检测
病原微生物所具有的特异核酸序列或称基因片段，有别于其他种或属，用不同方法检测基因有助于诊断。用已知核酸探针探测标本中的未知核酸片段，此为杂交技术；用已知寡核苷酸引物引导未知片段中微量待测基因片段成百上千倍扩增，此为聚合酶链反应。
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