虽然肺炎可能由各种病原体引起，但大多患者感染的病原体数量有限，大多数学者总结的引起细菌性肺炎的常见病原体包括肺炎球菌、流感嗜血杆菌、克雷伯菌、葡萄球菌和军团菌；革兰氏阴性菌；吸入的微小病原体。感染性气雾剂的吸入可能是感染的最常见模式。
风险因素
合并感染H1N1流感增加继发细菌性肺炎的风险，肺炎链球菌是最常见的合并感染。但是2009年感染H1N1的妊娠期患者继发克雷伯菌肺炎的风险增高，且预后较差。
其它风险因素包括局部肺组织病变（如肿瘤、慢阻肺、支气管扩张），慢性龈炎和牙周炎，对抗感染产生损害的吸烟。另外，感知觉的改变（癫痫发作，酒精或药物中毒）或中枢神经系统（CNS）损害（如卒中）可能降低吞咽反射，易吸入胃或口咽内容物，导致发生吸入性肺炎。
典型病原体
虽然多种病原体可能与肺炎相关，但仅几种与大多病例相关。
可引起肺炎的革兰氏阳性菌主要包括如下：
·肺炎链球菌：肺炎球菌是目前为止典型细菌肺炎最常见的病原体。
·金黄色葡萄球菌：静脉药瘾者（IVDAs）和身体虚弱者可见金黄色葡萄球菌。IVDAs患者的感染可能从污染的注射点播散至肺部。在很多地区，耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌（MRSA）多经验性抗生素的使用影响很大。
·肠球菌（粪肠球菌，屎肠球菌）：耐万古霉素肠球菌（VRE）的出现说明合理使用抗生素的重要性。
·衣氏放线菌：生长于胃肠道中的正常菌群，可定植于牙周病患者口腔中。其可以形成众所周知的脓肿和硫磺颗粒。
·星形诺卡菌：其可引起众所周知的肺脓肿和空洞。星形诺卡菌也可侵蚀胸膜，导致病原体在血液中的播散。
身体虚弱、免疫功能低下和近期入院的患者最常感染革兰氏阴性菌性肺炎。长期入住医疗监护场所（其它患者行气管插管）的患者也是此类感染的高危人群。
革兰氏阴性菌包括如下：
·铜绿假单胞菌
·肺炎克雷伯菌：其可导致侵袭性、坏死性、大叶性肺炎。慢性酒精中毒、糖尿病或慢阻肺患者感染此病原体的风险增高。
·流感嗜血杆菌：目前已鉴别出几种主要亚型，具有不同的致病力。众所周知，B型流感嗜血杆菌（HiB）尤其具有致命性，虽然有此亚型的常规疫苗降低此严重疾病的流行性。此致病菌常见于慢阻肺患者。
·大肠杆菌：众所周知，其可定植于下消化道，产生必需的维生素K。
·卡他莫拉菌：通常定植于呼吸道中。
·鲍曼不动杆菌：广泛存在于呼吸机相关性肺炎（VAP）中。
·土拉热弗朗西丝菌：其可通过蜱虫叮咬后传播给人。携带此致病菌的动物包括老鼠、兔子。其常被提及的利用价值是作为生化武器。
·炭疽杆菌
·鼠疫杆菌：以黑死病更加闻名。其是鼠疫的最主要致病因。直接吸入鼠疫杆菌会引起肺部感染，或鼠疫杆菌从血液播散至肺部也会引起继发性肺部感染。肺炎性鼠疫不像鼠疫具有专门的传播媒介。相反，其可通过人与人之间传播。
非典型病原体
非典型病原体通常与较轻度肺炎相关，被称为“可走路的肺炎”。此病原体之所以非典型是因为革兰氏染色或细菌培养无法检测。
非典型病原体包括如下：
·支原体：目前现存已知的最小生物体。
·衣原体：被称为鹦鹉病或鹦鹉热的疾病是由衣原体引起的，与接触各种鸟类相关。
·军团菌：是军团病的主要致病菌。
·贝纳特氏立克次体：是Q热的主要原因，主要通过动物与人之间传播；人与人之间传播不常见。携带此病原体的动物包括猫、羊和牛。
·百日咳杆菌：是百日咳的主要致病菌。
厌氧菌
厌氧菌肺炎的典型原因是吸入口咽内容物。这种感染通常包含多种病原体，可能包括以下：克雷伯菌、消化链球菌、拟杆菌属、梭菌属和普氏菌。
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