近期利用单细胞RNA测序发现的一类新型人树突细胞,图片来自Villani, A.-C. ET AL. SCIENCE 356, EAAH453 (2017); image Kathryn White; reconstruction James Fletcher。
人类细胞图谱联盟(Human Cell Atlas Consortium)[1]针对旨在一个为所有的人类细胞构建完整的参考图谱的国际项目发布了一份蓝图。该项目将为更加深刻地理解人类健康和诊断、监控和治疗疾病奠定基础。
这份蓝图作为白皮书发表在人类细胞图谱(Human Cell Atlas, HCA)网站上[2]。与此同时,HCA组织委员会在Nature期刊上发表了一篇评论类型的文章[3],总结了该HCA联盟的愿景和使命。 此外,该联盟也在今年10月18日宣布即将发布HCA收集的首批100万个免疫细胞的基因表达谱。为构建HCA的首个草图收集代表着几个组织和器官的至少3000万个细胞将是该联盟的一个初步的里程碑成就。这些数据将在11月初发布在一种在线资料库中,供研究人员免费地使用。
这份蓝图和数据的发布是在以色列魏茨曼科学研究所主办的第二届HCA大会[4]上提出的。此次会议庆祝了该联盟成立1周年,同时标志着它从规划阶段到运营阶段的正式转变。
美国布罗德研究所卡拉曼细胞观察台与细胞回路项目主任Aviv Regev说,“在过去的一年里,包括从医生到计算科学家在内的国际科学界参加了一个开放的过程以便规划如何着手构建这种革命性的图谱。我们一起绘制了蓝图。现在是开始建造房子的时候了。”Regev与英国韦尔科姆基金会桑格研究所的Sarah Teichmann是HCA组织委员会的联合主席。
Teichmann说,“这些将于完成时收集到的数据将为更加深入地研究组织内和在整个身体内的细胞的功能和相互作用提供一个入口点。随着时间的推移,这些知识将对人类生物学的科学理解和人类健康产生变革性的影响。”
全球战略蓝图
HCA在2016年启动[5],其目标与人类基因组计划(Human Genome Project)一样雄心勃勃:为所有人类细胞、它们所占的比例、它们的位置和它们之间的相互作用构建一份参考目录。这份白皮书指出为了构建出首个草图,该联盟将利用大规模并行单细胞RNA测序(一套基因组技术,能够一次鉴定出上千个细胞的基因表达谱)、描述其他分子的相关技术和为细胞的位置和相互作用构建图谱的空间分析方法,研究从选定的组织和器官中收集到的3000万个~1亿个细胞,并为它们构建图谱。
该联盟的长期目标是分析覆盖着所有组织、器官和系统(包括健康的组织和受到特定的疾病和症状影响的那些组织)的至少100亿个细胞。这份完整的图谱将是尽可能地多样化的,涵盖着一系列疾病、地理位置、环境和年龄段。
治理
除了为绘制首个草图设置目标和范围之外,这份白皮书还概述了该联盟的组织结构和治理结构,重要强调了科学的多样性和包容性。它还提供了一套基于伦理、公平和开放的指导原则来反映该联盟的科学草根起源。
HCA联盟是一个组织委员会领导的,该委员会是HCA联盟的决策机构。这个组织委员会由来自10个国家的27名科学家组成,当前是由Aviv Regev(布罗德研究所)和Sarah Teichmann(韦尔科姆基金会桑格研究所)共同主持的。查看HCA联盟领导层的完整列表,可点击这里[6]。
日本理化学研究所(RIKEN)基因组技术部门主任、RIKEN生命科学技术中心副主任Piero Carninci说,“HCA是由科学家们构想和发起的。它由来自10个国家的19个研究机构的科学家们治理和运营。已有来自世界各地(包括多个亚洲国家)的几十名科学家们表达了参与HCA研究和贡献他们的专业知识的意愿。”
来自首个100万个细胞的数据,以及通往100亿个细胞之路
今年10月18日HCA联盟宣布免疫细胞表达数据将于11月初在一种公共在线资源中公开,这些数据包括从健康人类供者的骨髓和脐带血中收集的大约100万个细胞的单细胞RNA表达谱。
这些表达数据将是免费提供的,允许科学界的成员在研究中使用这些信息。对开放获取的承诺是HCA的核心价值之一,也是出于重要的伦理考虑。(生物谷 Bioon.com)
参考资料:
1.Human Cell Atlas (HCA) Consortium
2.The human cell atlan white paper
3.The Human Cell Atlas: from vision to reality
4.HCA general meeting – Rehovot, 18-19 October 2017
5.International Human Cell Atlas initiative gets underway
6.HCA Organizing Committee members
7.The international Human Cell Atlas publishes strategic blueprint; announces data from first one million cells
(责任编辑:zqg)