基因测序的新里程碑:你的哪些基因来自爸爸,哪些来自妈妈?

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得知分析基因突变版本到自哪位双亲,就能确定位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点(即单倍型,haplotype),对人类基因组测序来说,这是一个新的质的飞跃。为了计算每条基因序列分别继承自爸爸还是妈妈,德国Saarland大学生物信息学中心的科学家开发了一款着名工具以至于《Nature Communications》期刊连发两篇文章连续报道。

    人类有46条染色体,内含生命遗传信息(即基因组)。后代的染色体总数与亲本保持一致,因此,亲本(父亲和母亲)的生殖细胞中都只有23条染色体,精子和卵子融合成受精卵,诞生新生命。

    半套染色体被定义为“单倍体(haploid)”。“从父亲或母亲那里继承的不同基因版本决定了孩子是否会生病,以及生病了需要怎么治疗,”Saarland大学的生物信息学教授Tobias Marschall解释,他是生物信息学中心“基因组学算法”小组的领导者。

 

    得知分析基因突变版本到自哪位双亲,就能确定位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点(即单倍型,haplotype),对人类基因组测序来说,这是一个新的质的飞跃。

    值得被载入史册的两项技术分别是:由Oxford Nanopore 、10x Genomics 和Pacific Biosciences 等公司创立的“第三代测序技术”,它们为人类基因组分析提供海量数据。“通过这些技术,我们如今可以获得更长的基因片段,”Marschall说。

    第二个必要技术是计算机算法。为了使海量遗传数据集更易管理,Marschall和同事开发了“WhatsHap”软件。《Nature Communications》的两篇文章详细报道了WhatsHap 使用方法。“在这些程序的帮助下,可以预见的是,鉴定某人的单倍型将很快成为一项常规医院检查,就像今天的血型检测一样简单普遍,”Marschall说。

    这两篇文章是单倍型检测领域的首个里程碑。
(责任编辑:sgx)

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