PNAS | 发现胃肠道间质瘤恶性进展的新机制，华大自主平台助力发文

胃肠道间质瘤恶性进展发现了新机制！该研究由中国科学院上海营养与健康研究所 – 长征医院联合转化医学中心王跃祥研究员带领研究团队庞裕智、谢飞飞等完成，研究成果于北京时间 2019 年 10 月 22 日在国际学术期刊《PNAS》在线发表。其中，全外显子测序和转录组都由华大完成（转录组测序由 BGISEQ 平台独立完成）。文章亮点文章首次解析了胃肠道间质瘤恶性进展的新机制，鉴定出抑癌基因 DEPDC5 。文章概述DEPDC5 抑癌基因失活将导致胃肠道间质瘤恶性进展。研究团队在国际上首次解析了胃肠道间质瘤恶性进展的新机制，鉴定出位于 22 号染色体的主要抑癌基因，解析了 DEPDC5 抑癌基因的失活是间质瘤恶性进展的重要分子机制，提供了区分间质瘤恶性程度的分子标记物，为间质瘤的精准治疗提供了实验依据。图 1 DEPDC5 抑癌基因的失活促进胃肠道间质瘤恶性进展（左）早期间质瘤中DEPDC5 抑癌基因功能正常，肿瘤细胞的增殖能力有限；（中）晚期间质瘤中 DEPDC5 基因突变，抑癌功能丧失，肿瘤细胞的增殖能力显著增强；（右）联合应用 mTOR 抑制剂和 KIT 激酶抑制剂（如格列卫等）显著抑制 DEPDC5 失活间质瘤的生长。研究结果研究团队对 40 例胃肠道间质瘤患者进行了全外显子组测序，目的是鉴定胃肠道间质瘤 22 号染色体的抑癌基因。研究揭示了 40 例 GIST 患者中有 7 例 (17.5%) 发生基因组纯合失活的 DEPDC5 突变，包括无义突变、移码突变和缺失 (图 2A 和 B)。多项数据表明，DEPDC5是胃肠道间质瘤中典型的抑癌基因。RNA 测序数据（图 3）和 DNA 甲基化研究表明，DNA 甲基化失调在胃肠道间质瘤中调节 DEPDC5 表达并不常见。图 2 全外显子组测序鉴定 40 例胃肠道间质瘤患者（A）其中 7 例（17.5%）存在基因组 DEPDC5 畸变。失活的 DEPDC5 突变为基因内纯合缺失（蓝线表示缺失的外显子）和半合核苷酸改变。（B）来自相同患者的肿瘤和非肿瘤细胞 DNA 的部分 22 号染色体的整合基因组可视图，显示了 DEPDC5 突变的肿瘤限制性。图 3 转录组测序检测胃肠道间质瘤中 DEPDC5 表达(n=51)。虚线以上的样本被认为是表达阳性；虚线表示具有纯合缺失的阴性对照的平均 FPKM＋3 s.d.。特别声明：本文转载仅仅是出于传播信息的需要，并不意味着代表本网站观点或证实其内容的真实性；如其他媒体、网站或个人从本网站转载使用，须保留本网站注明的“来源”，并自负版权等法律责任；作者如果不希望被转载或者联系转载稿费等事宜，请与我们接洽。
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