基因测序公司误诊引发官司,NGS诊断标准化何去何从?

2007年,美国最大的分子诊断公司QuestDiagnostics子公司——Athena Diagnostics 给Christian Millare进行了SCN1A基因突变检测。2008年5月1日,两岁的Christian疾病发作并不幸去世。此后死亡患儿母亲Amy Williams 通过咨询专家和查阅发表的文献,再结合Christian的病历,坚信儿子的生命不应该这样过早的结束。8年后,Williams对Quest 诊断公司和 Athena诊断公司提出了诉讼。称由于Athena诊断公司未遵循联邦实验室的规章制度对基因突变进行准确分类,从而导致她儿子癫痫发作并引发后续的治疗,最终病情恶化导致死亡。

基因测序公司未正确分类突变,导致患儿死亡

2007年,Christian的医生将其血液样本送往Athena公司以检测SCN1A基因突变。根据文献,SCN1A基因突变与Dravet综合症相关,Dravet综合症是癫痫的一种,Dravet综合症婴儿患者在出生几个月后开始癫痫发作,发育迟缓。Dravet综合症基金会估计,大约80%的患者携带SCN1A突变。

在本次案例中,Williams指责Athena公司将她儿子的SCN1A突变当做不明突变(VUS)处理,这意味着在2007年该诊断实验室没有足够的证据证明该突变和癫痫的关联及确定其是否为良性。Williams称当时实验室没有足够的证据表明该突变是她儿子的致病因素。该诉讼引用了2006年与2007年发表的两篇文章,其中一篇论文提及Christian的特殊突变已在研究中,且在其他癫痫患者中也发现了该变异。2007年发表于《Brain》杂志的论文作者之一是Athena公司的遗传学首席董事Sat Dev Batish。

此外更加复杂的是,Williams表示,2007年6月份Athena公司发布的不明突变报告对她不利。在寻找儿子死因多年后,她终于在2014年了解了实情——2014年秋天她获得了Athena公司的原始不明突变报告,并了解到该公司目前已将SCN1A突变归为致病突变。但2015年Athena公司发布了一份报告,并发表文件证明目前实验室所使用的突变分类方法与2007年的相同。

在本次投诉中,Athena公司无法提供额外的信息来支持这种突变重分类未违反美国临床实验室改进修正法规(CLIA)——所有实验室进行人类测试时必须遵循的联邦监管标准。CLIA要求实验室应有足够的系统给医生提供测试结果及跟踪整个分析过程。此外本次诉讼还强调了CLIA要求实验室必须提供额外的信息,以确保测试结果的准确性。

诉讼书中指出,根据Athena公司2007年的突变分类标准,Christian携带的突变应被认为是“意义不明的氨基酸变化”,而不是不明突变(VUS)。2010年,Athena公司发起了“Athena Insight”项目,主要负责调查致病变异并分为7类。

深思:突变的分类、解释、报告及数据库标准该何去何从?

目前为止,实验室如何分类和解释检测到的突变以及如何生成报告还没有标准的规定,对此,美国医学遗传学和基因组学学院于2008年和2015年制定了标准,然而认证机构认为实验室应自愿采用这些标准,并没有强制要求实验室的突变分类过程和数据报告公开透明。在遗传学领域中,突变的解释和报告标准仍在不断发展,而行业参与者、监管者及医生(将信息反馈给患者)之间几乎没有什么协议。如何在报告中纳入该信息?报告直接反馈给患者还是医生?尤其是当涉及不明突变的时候,这些都没有明确的规定。

RobertCook-Deegan说,“这个案件暴露了当今基因测序领域令人难以置信的缺陷:实验室如何解释特定突变与疾病的关联以及如何公开这些信息?这些信息如何进入公众数据库?如何到达患者手中?据我所知,Christian案例从未在文献中报道过,一个孩子死于误诊,而系统却完全没有注意到,只能说明它没有被纳入到任何的数据结构中。”

(责任编辑:sgx)

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