常用数据库
| 数据库 | 网站 | 数据库介绍 |
| INSD综合数据库 | 国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。 | |
| EMBL | http://www.ebi.ac.uk/embl.html | 欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA序列库。 |
| NCBI | http://www.ncbi.nlm.nih.gov | 国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）是美国国家医学图书馆（NLM）的一部分。 |
| DDBJ | http://www.ddbj.nig.ac.jp | 日本核酸数据库。 |
| GSDB | http://www.ncgr.org/gsdb | GSDB是由美国国家基因组资源中心(NCGR)维护的DNA序列关系数据库(Genome Sequence DataBase)。 |
| TIGR DATAbase | http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html | 世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引(HGI) |
| DNA序列数据库 | 包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。 | |
| BioSino | http://www.biosino.org/ | BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。 |
| CUTG | http://www.kazusa.or.jp/codon/ | MM子使用频度表。 |
| EPD | http://www.epd.isb-sib.ch/ | 真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database） |
| TRANSFAC | http://transfac.gbf.de/TRANSFAC | 真核生物基因表达调控因子的数据库。 |
| TRRD | http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ | 真核生物基因组转录调控区数据库。 |
| OOTFD | http://www.ifti.org/ | 转录因子和基因表达数据库。 |
| RepBase | http://www.girinst.org/~server/repbase.html | 真核生物DNA中重复序列数据库。 |
| MicroSatellite | http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html | 微卫星重复序列数据库。 |
| ALU数据库 | http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/) | ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。 |
| Simple Repeats | http://ncbi.nlm.nih.gov | 简单重复序列库。 |
| COMPEL | ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/) | 复合元件数据库。 |
| MPDB | http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html | 分子探针数据库。 |
| HvrBase | http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/ | HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。 |
| PlantCARE | http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/ | PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。 |
| PLACE | http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/ | PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物。 |
| Mendel数据库 | http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/ | Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列。 |
| HOX Pro | http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html | HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库。 |
| OPD | http://www.cme.msu.edu/OPD/ | 寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database) |
| dbSTS | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/ | 序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库。 |
| dbEST | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ | dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息. |
| AmmtDB | http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB | AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据. |
| HOVERGEN | http://acnuc.univ-lyon1.fr/ | 脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes) |
| DNA结构参数库 | ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library) | |
| NUCLEOSOME | ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/ | NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点. |
| SELEX_DB | http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/ | SELEX_DB,随机化序列库. |
| ASDB | http://hattrick.lbl.gov:8888/ | 交替剪接基因的数据库 |
| Intronerator | http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/ | 秀丽线虫内含子和交替剪接数据库 |
